GeneGPT（基因GPT） ：美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的工具。

主要通过他们的NCBI Web APIs数据库，来改进大语言模型对生物医学专业知识的处理能力。

能够为用户查询提供基于最新科学研究和数据的准确答案。

它可以进行人类基因组DNA比对、蛋白编码基因识别、基因疾病关联等多种任务。

GeneGPT的功能特点：

1、生物医学工具的集成使用： GeneGPT通过教导LLM如何有效利用NCBI Web APIs等生物医学工具，允许LLM在回答查询时，不仅依赖于预先训练的知识库，而且能够实时访问和利用专业数据库中的数据。

2、新颖的解码算法： GeneGPT采用了一种特别设计的解码算法，这种算法能够识别需要执行的API调用，并自动执行这些调用以获取信息。这使得GeneGPT能够为用户查询提供基于最新科学研究和数据的准确答案。

3、上下文学习与API演示： 与传统的仅依赖文档进行学习不同，GeneGPT通过在上下文中提供API调用的具体示例，使模型能够更直观、更有效地学习如何利用这些工具。这种学习方法提高了模型的理解和执行API调用的能力。

4、处理复杂查询的能力： GeneGPT不仅能处理简单的直接查询，还能处理需要多步骤API调用链的复杂查询。这表明GeneGPT具有高度的理解能力和从多个角度检索信息的能力，以回答更复杂的问题。

5、针对生物医学领域的优化： GeneGPT专门为生物医学信息的检索和处理设计，考虑了这一领域的特定需求和挑战。这种专门化的设计使得GeneGPT在生物医学研究和实践中具有重要的应用价值。

通过整合LLM与专门的生物医学工具，GeneGPT不仅能够提供更准确的信息，还能处理复杂的查询，为生物医学领域的研究和应用提供了强大的支持。

GeneGPT的评估结果显示其在多个任务上的出色性能

例如，基因别名识别（0.84），基因疾病关联（0.661），基因位置（0.66），多物种DNA比对（0.88），基因名称转换（1.0），蛋白编码基因（1.0），基因SNP关联（1.0），SNP位置（0.98）。

1、基因别名识别： GeneGPT能够识别并提供基因的不同别名，这对于生物医学研究中的信息检索至关重要。评估结果显示，GeneGPT在这一任务上的得分为0.84。

2、基因疾病关联： 它能够识别特定基因与疾病之间的关联，这对于理解遗传病因和发展新的治疗方法非常重要。在这一任务上的评估得分为0.661。

3、基因位置： GeneGPT可以提供特定基因在基因组中的精确位置，这对于基因编辑和基因组研究至关重要。该任务的评估得分为0.66。

4、人类基因组DNA比对： 它能够执行人类基因组序列的比对任务，帮助研究人员理解遗传变异。在这一任务上的评估得分为0.44。

5、多物种DNA比对： GeneGPT还能处理跨物种的DNA序列比对，这对于进化生物学和比较基因组学研究非常重要。该任务的评估得分为0.88。

6、基因名称转换： 它能够将不同数据库中的基因名称转换为统一的标准名称，简化了跨数据库的信息整合。在这一任务上，GeneGPT达到了完美的评估得分1.0。

7、蛋白编码基因识别： GeneGPT能识别特定的蛋白编码基因，这对于蛋白质功能研究和基因表达分析至关重要。该任务的评估得分同样为1.0。

8、基因SNP关联： 它能够识别单核苷酸多态性（SNP）与特定基因的关联，对于遗传疾病研究和人类遗传学非常重要。该任务的评估得分为1.0。

9、SNP位置： GeneGPT可以提供特定SNP在基因组中的位置，这对于遗传标记和基因组测序研究至关重要。该任务的评估得分为0.98。

论文：https://t.co/ayu5fRNdBk
GitHub：https://t.co/lzLpDWiNOv

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