维基解密曾公布一份美国驻上海领事馆在2007年10月5日发往美国华府的电报,标题为“南京学者对中国政治暴力的看法”。电报中说,南京大学顾肃教授表示,据他在北京市公安局工作的亲戚透露,吴官正的长子在2007年1月被谋杀。他当时去山东青岛出差,为其所工作的一家国企签订合约。他的尸体据说三天后才在酒店客房内被发现。青岛市公安局的官员告诉顾肃的亲戚,吴官正的长子是被谋杀,并且称这罪犯来自北京。顾肃教授的亲戚表示,吴官正任职期间树敌太多,可能是这些领导人下达了谋杀吴官正儿子的命令,以示警告。顾肃说,吴官正因为儿子被谋杀一事受到巨大的打击,他在政治局的一次会议上说,他的儿子死于他对腐败的调查工作,并表示:“我的儿子为了我的政治事业而牺牲。”
2007年底,吴官正在离任时感慨:“面对严峻腐败、消极情况、积重难返的问题,我给自己仅能打59分,不及格。”并对其未能推行的干部财产收入申报公开机制;现行纪委、监察部组织架构和隶属关系的改革;官员公款消费禁令的三事抱憾。